Η λιμνοθάλασσα του Αιτωλικού βρίσκεται γύρω από το ομώνυμο νησάκι και πόλη και αποτελεί προέκταση της λιμνοθάλασσας Μεσολογγίου. Και οι δύο λιμνοθάλασσες μαζί με το Δέλτα του Αχελώου και τις εκβολές του Ευήνου σχηματίζουν ένα μωσαϊκό από υγροτόπους, αλμυρά έλη και ρηχά νερά. Αποτελούν καταφύγιο για μια μεγάλη ποικιλία χλωρίδας και πανίδας, που περιλαμβάνει αποδημητικά πτηνά όπως φλαμίνγκο, ερωδιούς και πελεκάνους. Οι λιμνοθάλασσες αυτές Μεσολογγίου- Αιτωλικού θεωρούνται ένας από τους σημαντικότερους υγροτόπους της λεκάνης της Μεσογείου, αφού αποτελούν σημαντικό ενδιάμεσο σταθμό για αμέτρητα είδη πτηνών κατά τις εποχικές μεταναστεύσεις τους.
Οι υγρότοποι αυτοί, οι οποίοι φαίνονται στην παρακάτω εικόνα που ελήφθη από έναν από τους δορυφόρους Copernicus Sentinel-2 στις 23 Ιανουαρίου 2024, προστατεύονται βάσει της σύμβασης για τη διατήρηση και βιώσιμη χρήση υγροτόπων- Ramsar και αποτελούν μέρος του δικτύου προστασίας φυσικού περιβάλλοντος Natura 2000.
Το ευρωπαϊκό πρόγραμμα τηλεπισκόπησης Copernicus υποστηρίζει την προστασία και τη διατήρηση τέτοιων μοναδικών οικοσυστημάτων μέσω της δωρεάν και ανοικτής πρόσβασης σε δορυφορικές εικόνες υψηλής ανάλυσης για σκοπούς παρακολούθησης και διαχείρισης του περιβάλλοντος.
